L'objectif de chaque agent d'Inkognito est de mener à bien une mission, avec son partenaire. Au début du jeu, cependant, les joueurs ne savent pas quelle mission ils doivent remplir !
Dans le jeu standard à quatre joueurs, chaque joueur guide l'un des quatre agents secrets. Les quatre personnages sont alliés par paires : Lord Fiddlebottom et le colonel Bubble sont toujours associés contre l'agent X et Madame Zsa Zsa. Chacun des quatre agents est représenté par l'un des quatre personnages différents, de corpulence différente : grand, petit, gros, mince. Un seul d'entre eux représente le personnage réel contrôlé par un joueur. Les trois autres figures représentent des espions qui lui sont sympathiques et qui tentent de semer la confusion dans l'adversaire.
Au cours d'un tour, un joueur secoue le randomiseur du Fantôme de la prophétie pour déterminer ses trois actions disponibles, par exemple, se déplacer sur une route terrestre ou une route maritime. Le joueur déplace ses figurines, en essayant d'atteindre les espaces déjà occupés par les figurines des autres joueurs ou par l'ambassadeur. Lorsque les figures se trouvent dans le même espace, le joueur en cours a le droit de "poser des questions" et d'inspecter certaines de ses cartes. Par déduction et un processus logique d'élimination, il peut tirer des conclusions quant à l'identité et aux intentions des autres joueurs.
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